La désinfection a pour objectif d'éliminer les micro-organismes pathogènes (bactéries, virus, champignons) présents dans un environnement, afin de prévenir la propagation de maladies. Les techniques de désinfection peuvent inclure l'utilisation de produits désinfectants, la stérilisation, la désinfection par UV, etc.

Cette étape est particulièrement importante dans les zones à fort trafic, comme les hôpitaux et les écoles, où le risque de propagation de maladies est plus grand.

Elle implique donc d'éliminer et de tuer les micro-organismes ou d’inactiver les virus pathogènes de milieux, matières ou matériaux contaminés en altérant leur structure ou en inhibant leur métabolisme ou certaines de leurs fonctions vitales.